Федерация Независимых Профсоюзов России образована 19 сентября  1990 года как независимый от государства, политических и предпринимательских структур национальный профсоюзный центр. Сегодня ФНПР является самым крупным объединением трудящихся России и включает 122 членские организации, в том числе 40 общероссийских, межрегиональных профсоюзов и 82 территориальных объединения организаций профсоюзов. Еще 4 общероссийских профсоюза сотрудничают с ФНПР на основе соглашений. В профсоюзах, объединяемых ФНПР, состоит более 20 миллионов членов - около 95 процентов всех членов профсоюзов в Российской Федерации.      

Программа Федерации Независимых Профсоюзов России «Достойный труд – основа благосостояния человека и развития страны», принятая  в 2015 году  IX съездом ФНПР, определяет перспективные задачи Федерации. Это – установление заработной платы в России на достойном уровне, обеспечение занятости и безопасных условий труда, соблюдение государственных социальных гарантий, создание условий для гармоничного развития личности. С октября  1993 года Председателем Федерации Независимых Профсоюзов России избирается Михаил Викторович Шмаков.

ФНПР участвует на экспертном уровне в разработке проектов федеральных и региональных законов, касающихся социально-трудовой сферы, соблюдения прав трудящихся и профсоюзов. ФНПР активно влияет на процесс совершенствования российского законодательства, в том числе через своих представителей в Государственной Думе – межфракционную депутатскую группу «Солидарность». Наиболее значительными эпизодами этой работы стало принятие и совершенствование Трудового кодекса РФ, принятие Закона о запрете «заемного труда», ратификация важнейших конвенций Международной организации труда (МОТ).

Правовые службы ФНПР и ее членских организаций постоянно участвуют в судебных заседаниях, разрешающих трудовые споры и конфликты. Ежегодно рассматривается 14-15 тысяч подобных дел. При этом, в более чем 90% случаев решения выносятся в пользу работников, а  экономический эффект этой работы для трудящихся составляет миллиарды рублей. 

Свой стратегический курс ФНПР связывает с полноценной реализацией системы социального партнерства. В  ее основу положен принцип заключения коллективных договоров на предприятиях,  а также  отраслевых и региональных трехсторонних соглашений. На федеральном уровне ФНПР играет ведущую роль в деятельности профсоюзной стороны Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений. Регулярно заключаются Генеральные соглашения между общероссийскими объединениями профсоюзов, общероссийскими объединениями работодателей и Правительством Российской Федерации.

Миллионы россиян принимают участие в организованных под эгидой ФНПР коллективных акциях. Из наиболее крупных выступлений российских трудящихся под эгидой ФНПР следует отметить: Всероссийскую акцию протеста осенью 1998 года “Нет — губительным экономическим реформам!”, Всероссийскую акцию протеста в июне 2004 года «Нет – наступлению на социальные права и интересы трудящихся и населения». В апреле – мае 2007 года прошли три этапа коллективных действий ФНПР под общим лозунгом «За соблюдение прав трудящихся! За достойную жизнь!». С 2008 года ФНПР включилась в глобальную международную кампанию: Всемирный день действий «За достойный труд!», проводимую ежегодно 7 октября.

В первомайских шествиях и митингах, организуемых ФНПР, ежегодно принимают участие миллионы россиян, предъявляя насущные требования к работодателям и исполнительной власти.  Во многом благодаря протестным действиям профсоюзов удается повышать уровень оплаты труда наемных работников; обеспечивать стабильность на рынке труда,  сдерживать неконтролируемый рост тарифов на жилищно-коммунальные услуги, вести  результативные переговоры по вопросам обеспечения охраны труда, соблюдения государственных социальных гарантий и др.

ФНПР, ее членские организации оказывают большую практическую помощь работникам, принявшим решение вступить в профсоюз или создать первичную профсоюзную организацию. Ежегодно в профсоюзах, объединяемых ФНПР, создается более 5 тысяч новых первичек.

ФНПР имеет развитую систему профсоюзного образования. В нее входят два высших учебных заведения - Академия труда и социальных отношений (АТиСО) в   Москве и Санкт-Петербургский гуманитарный университет профсоюзов (СПбГУП) в Санкт-Петербурге. В десятках регионов России создана сеть их филиалов.

Федерация Независимых Профсоюзов России активно сотрудничает с Международной организацией труда (МОТ). ФНПР поддерживает братские отношения с более чем 100 национальными профцентрами из 70 стран мира и является крупнейшей членской организацией Международной конфедерации профсоюзов (МКП), которая объединяет 176 млн. членов профсоюзов. ФНПР является членской организацией Всеобщей Конфедерации Профсоюзов (ВКП) стран Содружества независимых государств (СНГ). Председатель ФНПР М.В. Шмаков избран Вице-президентом МКП и Президентом ВКП.